女督察华阳和南方某省公安厅秘密问讯处主任石杰正在进行司法问讯，调查指控含山刑警副队长龙达“性侵”一案。
　　在汉山市警方的缉毒过程中，线人赵东携带10件7千克海洛因神秘失踪，主管这次行动的龙达因此背负重大责任事故的罪名。此时又有检举龙达贪污受贿的举报信送来，省厅决定委任杨华去调查龙达的问题，并且对曾被检举有重大问题的汉山市仁昌集团进行秘密调查。在杨华找到与仁昌集团有关的证人宋大福进行询问时，宋却突然身亡。龙达被暂时羁押，执行"双规"。龙达接到赵东"砖窑、生命危险"的寻呼，无奈之下打倒看守他的史杰，逃出警局。
龙达来到赵东的砖窑寻求帮助，但他没有找到赵东，他再次被怀疑是谋杀。市局决定对龙达进行内部通缉。龙达觉得自己陷入了别人的阴谋，于是他去找指控他“性侵”的刘思思，试图从中获取一些信息。这时，刘思思被冷追杀，救下并威胁刘思思，开始逃亡。
　　在龙达的追问下，柳思思撒谎说是因为钱的关系而被迫诬陷龙达，龙达准备把她交给马玉，为自己辩白。在龙达与马玉进行交涉的场所周围，被史杰布下了狙击手，以防龙达反抗，龙达愤而逃走。杨华发现史杰一直在与线人进行秘密接触，加之此次史杰的行动，杨华开始怀疑史杰，认为史杰与龙达有重大关系，企图杀人灭口。龙达接到赵东的传呼：我危险、小木屋。
龙达来到小屋，却发现是他的女儿朗·肖飞在叫他。让女儿去临海找郭。龙的临海之行被夜总会老板冷发现，设下圈套让刘思思和去临海。所有的矛盾都指向大海，于是华阳和丁伟决定去大海里寻找龙达的下落。
　　通过技术鉴定，史杰发现最近发生的系列枪杀案所用的枪支，竟然都是龙达曾报失的枪支。龙达去找郭为人，不料杨华等先到一步，龙达险些被擒，无奈之下龙达胁持、并误伤了郭为人。龙达把警枪交给柳思思保管，怎料柳思思竟然号称警枪被神秘人夺去，龙达心生疑惑。
冷的下属王绑架了英子，赵东被迫现身。找到了王，从赵东那里得到了消息。王试图抵抗，被杀死。龙达把龙肖飞交给了郭为的未婚妻和他以前的情人叶楠照顾。
　　史杰决定打入贩毒网内部。杨华通过省厅的卧底何进联系到柳思思，经过谈判，柳思思把龙达冒充毒贩去"金枪鱼"处寻找赵东的事情告诉了杨华，史杰等人决定将"金枪鱼"与龙达一网打尽。
金枪鱼安排了龙达和一个名叫“老法”的毒贩之间的交易。熟料“老法”竟然是石碣。石杰缺乏卧底经验引起了金枪鱼的怀疑。龙达利用赵东隐瞒了石杰的身份，救了石杰一命。隆达要求赵东打电话到警察局证明自己的清白，但赵东再次诬陷龙达，因为英子被冷绑架了。刘思思被冷绑架了。
　　史杰将金枪鱼抓获，让金枪鱼作卧底，与冷野云进行交易。龙达从英子口中得知柳思思被囚禁在野玫瑰夜总会，便赶回汉山市营救柳思思。冷野云在警方的抓捕中逃脱，史杰却意外地抓捕了前来营救柳思思的龙达。
华阳认为，找出仁昌集团问题的关键人物在于宋大夫的女儿宋佳丽。华阳去找宋佳丽，遇到了冷云。赵东用传呼机联系了史洁。丁伟请求龙达帮助他营救华阳。华阳获救后，丁伟巧妙地放走了龙达。从赵东口中得知，冷是在陷害自己。当龙达把赵东带到警察局解释一切时，赵东被枪杀了，而凶器正是龙达丢失的警用枪。
　　史杰放走龙达的行为引起杨华的不满，而被羁押在警局的"叫化子"则向杨华提供了一些史杰与龙达的照片，企图陷害史杰。柳思思去找宋佳丽的途中被孙铁绑架，说出了龙达的下落。马玉跟踪龙达，找到了宋佳丽，龙达告诉马玉警方内部可能有奸细，马玉出于信任而放走了龙达。龙达与孙铁等人相遇，展开枪战，此时，以凶残闻名的省厅名捕徐海宽出现，三方混战，龙达脱逃。
龙达去取宋家丽保存的宋大夫的最后一本日记，在大学宿舍遇到了冷。龙达从冷那里找到了他的妾“黑茉莉”的照片。宋佳丽把日记交给石杰，石杰发现关于9月16日的记录是空白的。华阳一直在调查仁昌集团和野玫瑰，发现野玫瑰的初始资金来自黑马货运公司(仁昌集团的前身)。
　　柳思思怀疑冷野云不是最后的黑手，而幕后的黑手在仁昌集团。杨华去仁昌集团问询董事长张仁昌，张仁昌表现的很积极，一定程度上打消了警方的疑心。
华阳仔细分析了宋大夫的日记，发现了一个关键人物——陈海，他手中掌握着仁昌集团的重大秘密。冷绑架了龙来勒索。危急时刻，丁伟救了，冷被杀，得到了一个消息:黑匣子。这时，发现冷就是日记中提到的，于是对石碣的怀疑增加了。
　　杨华从马玉口中得知史杰并不是龙达的帮凶，而他的一系列举动都是有着他自己的计划，杨华对史杰有了新的认识。在金秘书极力主张将史杰停职的时候，杨华坚持让史杰继续工作。"黑茉莉"听说情夫冷野云被击毙，恐慌不已，决定将"黑匣子"卖给张仁昌之后远走高飞。卧底何进将消息传给了杨华，杨华又让史杰转告了龙达，企图一网打尽。在交易场所，混战一场，龙达胁持史杰得以逃脱。
华阳从龙肖飞那里得知了叶楠和隆达的关系，然后找到了叶楠，得到了龙达的住处。徐海宽带的人去抓捕龙达，而张仁昌以为龙达拿到了黑匣子，派人去了龙达的住处。徐海宽与张仁昌的部下相处融洽，徐海宽壮烈牺牲。丁伟等人发现宋大夫是张仁昌的养父，在日记中查询了有关“九·一四”的消息。丁伟把这个消息告诉了龙达，两人决定合作。龙达负责“黑匣子”，石杰负责调查9月14日发生的事情。
　　龙达和史杰对柳思思的身份一直存在疑惑，通过一次长谈，龙达得知柳思思的身世，并且得知柳思思的父母死于9月14日的一场火灾中。史杰通过消防队查到十年前9月14日的火灾，竟是在黑马货运公司发生的，烧死八人。宋大福利用这次火灾，为张仁昌骗取保险金达2400万。进一步的调查显示，火灾赔付的供货方是冷野云，真像逐渐浮出水面，仁昌集团的原始积累竟是此次火灾。龙达想到了冷野云的姘妇"黑茉莉"，几经周折，龙达找到了黑茉莉，并从她手中拿到了所谓的"黑匣子"--一个黑色的记事本……