1937年深秋，为躲避战乱，来自中国的程贤(秦汉)博士带着怀孕的日本妻子小早川怜子(赵一元饰)及其子女，从上海逃往南京老家。他没想到南京差点被日本侵略者给毁了。当被告知可以在欧美列强保护的安全区域避难时，成贤认为自己和难民不同，不予理会。他投靠了一位老朋友，继续行医。以小学教师刘(刘若英饰)为代表的同胞们的悲剧，让他震惊，让他愤怒，但他认为自己的首要任务不是抵抗暴力的敌人，而是做一个好医生。

同年冬，南京被完全占领，日军开始在南京烧杀抢掠。成贤终于意识到日军的残忍和麻木，让妻子先去安全区避难，自己则留下来救人。他不知道的是，安全区早已名存实亡，但当他想反抗时，却发现根本不可能。