《无敌智者》以太平洋战争为背景，讲述了一个中国间谍为全世界反法西斯阵线提供重要军事战略情报，从而扭转二战格局的传奇故事。编剧石小可表示，《英雄无敌系列》的三个部分是从儒家思想核心出发的“仁、智、勇”，讲述了发生在不同时代的三个故事。因为《无敌智者》是三部电影的收官之作，所以他坦言创作压力很大。“这对我来说是个难题，故事一定要更好。”1941年秋冬，特工中村公被调任日本驻上海特别行动处主任，负责日本在上海抓捕地下党。中村的战术雷厉风行，一时间上海的地下党组织风雨飘摇。
然而在表相之下，却隐藏着极为曲折的隐情。原来中村功的真实身份是中国人，并且为中共地下党。他手中掌握着一份关于日本军方实施“北上”还是“南下”的战略情报。该情报关系着欧洲战场上苏联卫国战争的成败，直接关系整个二战的格局。
但因为间谍“白鸽”的背叛，中村单线联系不幸牺牲。中村本人也陷入了被怀疑的境地，反而成了新四军想要除掉的“危险”人物。他手里拿着空空的资料，却没有办法去打官司，只能靠杀共的手段去找可靠的联系人。最终，他找到了埋藏在组织内部的“白鸽”，及时将信息发送出去，保住了性命。