2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾难中，地球上将近一半的人类失去了生命，世界一片混乱。15年后，人类已经重建家园，但未知的巨型生物“使徒”却频频袭击。

14岁的少年Shinji Ikari被父亲叫去了避难所，来到新东京第三城。他到达后不久，就卷入了军队和使徒之间的战斗。危急时刻，一个美女出现救了真嗣。

美女是NERV一家特殊机构的官员葛城美佐。桂太郎把信治带到他的父亲——NERV总司令钱面前。看到久别重逢的儿子，齐杜源没有说一句热情的问候，而是直接命令他立即坐上秘密研制的巨大机器人武器伊娃霍恩去攻击和击退使徒。

内向胆小的真嗣不满父亲的不厚道，拒绝攻击。但是，当他看到女司机绫波丽身负重伤却还要坚持上阵时，他实在忍无可忍，只好坐上了长荣。

从未受过训练的真嗣第一次出击，却面临一场生死大战。在暴走的情况下打败了使徒。