故事发生在东汉末年(公元208年)建安十三年，离今年正好1800年。虽然当时的皇帝是汉武帝刘协，但真正掌握实权的是宰相曹操。他威胁汉献帝在南方向刘备和孙权开战。曹操口口声声说他灭孙灭刘的目的是为了替汉统一全国，实际上是想废汉自立。曹操率领近百万大军南下，第一站就是驻扎在新野的刘备。
　　甫抵新野，曹操的军队就以绝对优势的兵力很快击溃了刘备的军队。刘备被迫逃离新野，大将关羽和张飞殿后，掩护老百姓撤退。与此同时，大将赵云怀抱刘备的幼子阿斗，在曹营中单骑纵横，毙敌无数，终于杀出重围。
至此，被击溃至夏口的刘军与曹军仅一河之隔。刘备明白，仅靠长江天险阻挡强大的曹骏不是长久之计。曹操迟早要过长江，民不聊生。无奈之下，他派军事家诸葛亮前往东吴，与孙权商议结盟事宜。
　　东吴虽兵精粮足，但面对来势凶猛的曹操大军，时年26岁的孙权和他的众文武大臣在降与战之间犹豫不定。孙权的谋士鲁肃私下里对诸葛亮说，要想说服孙权结盟抗曹，必须先说服他的军事首领周瑜。诸葛亮赶往赤壁，探望在那里训练东吴精锐水军的都督周瑜。诸葛亮和周瑜一见如故，两人一边尽兴地抚琴，一边商讨战事。在那里，诸葛亮还见到了周瑜的太太、号称天下第一美女的小乔。小乔的父亲原来是曹操多年前的旧交。
周瑜和诸葛亮一起拜见孙权，力劝与刘备结盟，共同抗曹。此时，曹操派人去投降孙权，孙权断然拒绝。
　　曹操大怒，派大将夏侯渊率一营骑兵偷袭孙刘联军。周瑜和诸葛亮对此早有防备。孙权的妹妹、假小子孙尚香领命应战。夏侯渊不知是计，拍马追赶，结果中了联军的圈套。夏侯渊落荒而逃，而他的一干人马悉数缴械投降。交战中，周瑜救了赵云一命，自己却受了伤。
首战告捷，东吴士气大振，在长江南岸地势险峻的赤壁安营扎寨。在武林北岸，隔河望去，曹操还建了一座堡垒，有两千多艘海军战船。为了迷惑敌人，曹操一边秘密加紧准备，一边让他的士兵玩一种叫蹴鞠的足球游戏。
　　骁勇善战的孙尚香装女扮男装，渡江混入曹营打探底细，并结识了一位名叫孙叔财的曹军将领。后来，二人产生感情。孙叔财还将孙尚香招入了他的“蹴鞠队”。
曹操的水军对南方的水土气候不满意，接连生病，导致瘟疫蔓延。曹操不为所动，甚至把死去士兵的尸体扔进了盟军的营地。虽然诸葛亮反应迅速，但瘟疫蔓延，许多士兵病倒，盟军士气大受打击。而刘备和关羽，张飞和赵云等将领也纷纷逃命。
　　大战在即，此时联军兵力不占优，同时亟需箭枝。诸葛亮便设下圈套，趁机削弱曹军的实力。他派二十只草船首尾相连，趁着浓雾连夜佯攻曹操的水军。曹操不知是计，传令不可妄动，只叫水陆两军的弓箭手向江上射箭。结果，二十只草船满载十万余支箭胜利返航。次日清晨，曹操怀疑军中藏有奸细，并且发现了他的两位水军头领写给周瑜的书信（实为周瑜假造），信中声言送十万支箭作为投靠的礼物。曹操大怒，命将二人处斩。众水兵恐受连累，四散逃命，结果皆被俘获，并以叛降之罪处死。尽管如此，曹操仍然执意在数日后攻打联军。他慷慨陈词，终于扭转了军中的士气。
赤壁大营，盟军打算用火攻曹操的水军，因为他们的战船都是连在一起的。但是现在北风很大，稍有不慎就可能在盟军自己的战舰上适得其反。这时，孙尚香带着曹操的地形图回到南岸。联军相应地部署了战术。
　　小乔不顾周瑜的反对，只身前往曹营，试图说服曹操撤兵，至少可以拖延一些时间。曹操其实一直就很喜爱小乔，此时更是被她的美貌吸引住了。更有传言，曹操起兵的目的就是为了博得小乔的芳心。
这时，诸葛亮告诉周瑜，第二天就是至日的冬天了。根据天象，风向会改变，我们可以按计划行动。周瑜命令吴栋的军队悄悄准备，从陆路三面包围曹颖，并部署水军的战船沿河一字排开，静待东风。小乔在对付曹操，转移他的注意力。
　　最后，风向果然大变。东吴几只燃烧的战船冲入了曹操的水军营地。风借火势，曹营立刻变成了一片火海，几千艘战船被付之一炬。吴军从陆地上也开始发动攻击。
曹操被打了个措手不及。但他迅速指挥精锐骑兵进行反击，把吴栋军队赶到了河边。正在这时，刘备率兵赶到，击退了曹操，乘势攻下了他的堡垒。周瑜在赵云和孙权的掩护下，冲进曹颖救出了小乔。曹操险些丧命，不得不逃亡。八十三万大军阵亡，只剩下几百人。在这场战斗中，孙和刘连俊取得了巨大的胜利。
　　看到曹军溃败，诸葛亮下令收兵，给曹操留一条生路，让他灰溜溜地去向汉献帝复命。之后，诸葛亮与周瑜和小乔依依惜别。