迈克尔·斯科菲尔德陷入了无可救药的困境——他的兄弟林肯·巴罗斯被判谋杀罪，被关在福克斯河监狱的死囚牢房里。尽管所有的证据都指出林肯是凶手，但迈克尔坚信他的哥哥是无辜的。林肯的行刑日快到了。在没有其他选择的情况下，迈克尔持枪闯入一家银行，被捕入狱，后来到林肯身边。作为一名建筑工程师，迈克尔参与了监狱的改造工程，对此了如指掌。他设计了一套完整的越狱计划，入狱的唯一目的就是拯救林肯的出生，还他清白。林肯的前女友维罗妮卡·多诺万是这起谋杀案的辩护律师。她认为林肯是被陷害的。在继续调查的过程中，维罗妮卡发现这远不是一起简单的谋杀案。受害者的死牵涉到很多重要人物的利益——副总统的身影逐渐从幕后浮现。随着调查的深入，危险正在逼近维罗妮卡，目击者相继被神秘杀害，林肯的家庭也遭遇了不幸。那个跟踪维罗妮卡的神秘人原来是美国联邦调查局的一名特工。与此同时，迈克尔在狱中艰难地准备着自己的越狱计划，在通往自由的路上，意想不到的人和事接连出现。