《东京MER》正式认可半年。为了在国家法令指定的城市开展MER，顶替作为第二医生离队的音羽(贺来贤人饰)的问题让基塔米(铃木亮平饰)头疼不已。在团队中，我希望比奈的声音。阿尔弗雷德(大琉璃彩海中田)也将得到改善。然而，音羽断言，比奈。阿尔弗雷德应该走循环器手术的道路。比奈。阿尔弗雷德也有压力，担心他是否能取代音羽。这时，清虎(伊藤淳史饰)作为一名辅助医生来到了梅尔。和音羽一样，清湖是厚生劳动省的一名医疗技术官员。表面上看，他是作为第二医生被派来的，但厚生劳动省有想法。此时，田川发生了一起大型水上巴士与船屋相撞的事故。载有许多伤员的失控船屋逃跑了。虽然是赶到现场的MER的成员，但是因为无法接船，所以无法进入。并且由于船底内部燃料泄漏，发现了多名患者爆炸的可能！北见等人为了帮助被遗弃的人，出其不意地打了起来。这就是死亡的挑战。