故事讲的是由于遗址大规模下沉，町田居民区附近出现了一个巨大的“洞穴”。与此同时，居住在当地的185户家庭无一例外被残忍杀害。神秘的恐怖杀人事件一个接一个发生，看起来一点都不像人类，却毫无头绪。这些事件似乎与一个着迷的老人和一个被称为禁忌遗物的“盒子”有关。

五年后，东京在不久的将来。从表面上看，它似乎是一个巨大的繁荣城市，但实际上它已经走到了毁灭的边缘。两极分化，犯罪城市。町田惨案的唯一幸存者新道兰丸为了查明事件真相，成为了一名警察。

然后，涉谷又发生了新的案件。据悉，这是一起吸毒人员的暴力案件，但当沈导等民警赶到现场时，却清楚地看到了正在残害人的妖兽。站出来救人的是公安部特别机动搜索队二班，成员俗称“特功”，还有六樱。他们的武器既不是枪，也不是警棍，而是用来杀死妖兽的刀。

慎到终于明白两年后倭国就要灭亡，于是走上了与妖兽战斗的悲壮之路...