福克斯·穆德（大卫·杜楚尼·大卫·杜楚尼饰），一名美国美国联邦调查局特工，小时候经历过一次神秘的绑架。他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人绑架，至今下落不明。从那以后，穆德一直专注于神秘事件的研究，并负责美国联邦调查局总部的X档案部门。因为穆德性格乖张，难以控制。美国联邦调查局的最高管理层从美国联邦调查局学院调走了一名女特工达纳·斯库利（吉莲·安德森·吉莲·安德森饰演），表面上是为了协助穆德的工作，实际上是希望这位崇尚科学的理性特工能够约束穆德的行为。两人最初的合作并不理想，完全不同的思维模式总是导致争吵的爆发。然而，随着各种离奇案件的出现和他们接触的加深，穆德和史高丽终于成为可以为对方冒生命危险的可靠伙伴...这部电影获得了1996年至1999年美国作曲家、作家和出版商协会电影电视音乐奖电视剧奖的第一名，以及其他电影节的近70个奖项。